针对传统机器学习算法中仍需手工操作表示特征的问题，提出了一种基于堆栈式降噪自编码器（SDAE）深度网络的蛋白质亚细胞定位算法。首先，分别利用改进型伪氨基酸组成法（PseAAC）、伪位置特异性得分矩阵法（PsePSSM）和三联体编码法（CT）对蛋白质序列进行特征提取，并将这三种方法得到的特征向量进行融合，以得到一个全新的蛋白质序列特征表达模型；接着，将融合后的特征向量输入到SDAE深度网络里自动学习更有效的特征表示；然后选用Softmax回归分类器进行亚细胞的分类预测，并采用留一法在Viral proteins和Plant proteins两个数据集上进行交叉验证；最后，将所提算法的结果与mGOASVM、HybridGO-Loc等多种现有算法的结果进行比较。实验结果表明，所提算法在Viral proteins数据集上取得了98.24%的准确率，与mGOASVM算法相比提高了9.35个百分点；同时所提算法在Plant proteins数据集上取得了97.63%的准确率，比mGOASVM算法和HybridGO-Loc算法分别提高了10.21个百分点和4.07个百分点。综上说明所提算法可以有效提高蛋白质亚细胞定位预测的准确性。